本使用手冊詳細介紹有關BASIC Commander與innoBASIC Workshop的架構與操作方式，所含章節如下:
1. 系統概述：簡介整個BASIC Commander的系統架構，並提供BASIC Commander各腳位的說明，以及教育板與週邊模組的連接方式
2. 安裝與開始使用：介紹innoBASIC Workshop的安裝方式，以及電腦與BASIC Commander的連結
3. innoBASIC Workshop：介紹innoBASIC Workshop視窗上各個按鈕的功能，以及基本程式編寫流程
4. 硬體說明：詳細說明BASIC Commander與教育版相關腳位與電氣特性，以及與模組連接使用的相關注意事項
5. innoBASIC程式語言：介紹程式的語法，關鍵字等編寫程式所需要的資訊，並提供相關範例
6. 指令集：將所有指令依名稱依序做詳細的介紹，以及程式範例

手冊附錄亦提供ASCII碼表讓使用者查閱，使用者下載這份文件，也需要下載另外一份＂BASIC Commander 及 innoBASIC Workshop 補充指令手冊 ＂，補充新指令的資訊。